Đường Chiêu Tông nỗ lực tái thiết quân đội triều đình và giao quyền chỉ huy cho các thân vương, bao gồm Đàm vương Lý Tự Chu, Diên vương Lý Giới Phi, và Thông vương Lý Tư. Tuy nhiên, Lý Mậu Trinh lo ngại trước diễn biến này, đến mùa hè năm 896, ông ta lại tiến công vào Trường An. Đường Chiêu Tông ngay lập tức cầu viện Lý Khắc Dụng, song Lý Khắc Dụng nay không thể cứu viện. Quân của Lý Mậu Trinh đánh bại quân của Lý Tự Chu, Lý Tự Chu sau đó đề xuất chạy đến Hà Đông. Đường Chiêu Tông thoạt đầu chấp thuận và chuẩn bị tiến đến Phu châu[chú 18], dự tính vượt Hoàng Hà sang Hà Đông tại đây; ông cũng khiển Lý Giới Phi đến Hà Đông chuẩn bị. Tuy nhiên, sau khi Đường Chiêu Tông dời khỏi Trường An, Hàn Kiến đã phái sứ giả đến và sau đó đích thân đến gặp ông, thuyết phục ông đến Hoa châu (華州)- thủ phủ của Trấn Quốc do Hàn Kiến kiểm soát, hứa hẹn sẽ dốc hết sức mình để duy trì quyền lực của hoàng đế. Do cả Đường Chiêu Tông và các triều sĩ đều lo lắng trước hành trình xa xôi nếu muốn tới Hà Đông, Đường Chiêu Tông chấp thuận đến Hoa châu.[12]

Sau khi đến Hoa châu, Đường Chiêu Tông trên thực tế bị Hàn Kiến khống chế, và khi triều đình tiến hành các nỗ lực thực sự nhằm giao chiến với Lý Mậu Trinh, Hàn Kiến đều ngăn lại.[12] Hơn nữa, Hàn Kiến còn buộc Đường Chiêu Tông phải giải tán thân quân do các thân vương chỉ huy, và sau khi Lý Giới Phi trở về từ Hà Đông, Hàn Kiến sát hại 11 vị thân vương do biết rằng Lý Khắc Dụng không định cứu viện.[13]

Đường Chiêu Tông thiết lập hòa bình với Lý Mậu Trinh vào mùa xuân năm 898, phục hồi quan tước cho Lý Mậu Trinh. Do Chu Toàn Trung đề xuất dời kinh thành đến đông đô Lạc Dương, Hàn Kiến và Lý Mậu Trung lo sợ rằng Chu Toàn Trung sẽ phái quân đến bắt hoàng đế, do đó họ cho sửa chữa cung điện và các công thự tại Trường An mà trước đó bị quân của Lý Mậu Tỉnh phá hoại. Vào mùa thu năm 898, Đường Chiêu Tông trở về Trường An, song nay quanh ông chỉ còn Thần Sách quân do các hoạn quan quản lý.[13]